時代は28世紀。 人類は22世紀、神のご意向により【原罪】と【贖罪】の性質に分かれてしまい、互いに敵視して暮らしてきた。 また人類の文明は第一次神話災害、第二次神話災害の被害を被り、衰退の一途を辿っていた。 そんな中、医療用として政府に保護されていた地球外生命体の繁殖が開始。その際紛れ込んでいた突然変異種によりばら撒かれた【感染型怪異症】により、元より絶滅危惧の状態にいた人類は更に絶滅の足を速めた。 人類の絶滅を懸念した政府によって、【怪異症殲滅機関】アンノウンが設立される。